舟山航海学校作为公办中等职业学校，严格执行国家及浙江省关于中职教育的收费政策，学费标准规范合理，相较于许多民办院校和普通高中，总体费用并不昂贵。具体学费因专业不同可能略有差异，学生和家长可以查阅学校官方发布的当年招生简章获取准确信息。
在减免和资助政策方面，国家建立了完善的中职学生资助体系。所有全日制正式学籍在校生均享受免学费政策（符合国家相关规定）。家庭经济困难的学生还可以申请国家助学金，根据困难等级享受不同档次的资助。此外，品学兼优的学生有机会获得中职国家奖学金或学校设立的各类奖学金。舟山本地或符合条件的学生可能还能享受地方性的就学补助。学校设有学生资助管理中心，会确保各项资助政策落实到位，帮助家庭经济困难学生顺利完成学业。
