上海市医药学校为学生设计了多样化的升学路径，确保不同学习能力和职业规划的学生都能找到适合自己的深造通道，实现学历和技能的同步提升。
中高职贯通培养是学校重要的升学模式。学校与上海健康医学院、上海工程技术大学、上海农林职业技术学院等多所优质高等职业院校合作，开设了药剂、制药技术、生物技术制药等专业的中高职贯通班。学生完成中职阶段学习后，经考核合格可直接升入对口高职院校就读，无需参加高考，实现中职与高职教育的无缝衔接。
参加上海市“三校生”高考是主要的升学途径之一。学校为有意向的学生提供系统的文化课和专业技能课辅导，帮助学生报考上海市应用技术大学、上海第二工业大学、上海健康医学院等本科或高职院校，继续攻读相关专业，获得更高层次的学历。
学校部分专业与上海应用技术大学等本科院校合作开展中本贯通试点。学生在上海市医药学校完成中职阶段学习后，通过转段考试进入合作本科院校学习，毕业后可获得本科文凭。这条路径为成绩优异的学生提供了直接升入本科的快捷通道。
学生还可以通过高等教育自学考试、成人高考、网络教育等业余学习形式，在工作之余继续提升学历。学校的学习经历和技能基础为学生参加这些学历教育提供了有力支撑。学校鼓励和支持学生终身学习，持续发展。
