福清卫生学校为学生提供了多种升学深造渠道，帮助学生提升学历层次。最主要的路径是参加福建省高职院校分类考试招生。该考试面向中职学校毕业生，学生可根据所学专业类别，报考省内相关高职院校的对口专业，考试内容包括文化素质考核和职业技能测试，是中职生升入大专院校的主流方式。
学生还可以通过参加“3+2”中高职贯通培养项目实现升学。学校可能与部分高职院校合作，针对特定专业开展联合办学，学生前三年在福清卫校学习中职课程，经考核合格后，直接升入合作高职院校继续学习两年，毕业后获得全日制大专文凭。这是一种较为便捷的升学模式。
对于成绩特别优异的学生，学校会鼓励并组织其备战“中职升本科”对口招生考试。福建省内部分应用型本科高校会面向中职毕业生招收本科生，虽然名额竞争激烈，但为优秀学子打开了直达本科院校的大门。此外，学生也可在毕业后通过成人高考、自学考试等方式在职继续教育，获得更高学历。
