甘南州卫生学校作为一所地区级医学类中等专业学校，其专业设置紧密围绕基层医疗卫生人才需求。学校的王牌专业通常具有办学历史较长、师资力量相对扎实、就业需求稳定等特点。其中，护理专业是该校的传统优势与核心专业，该专业培养学生掌握临床护理、社区护理等基本技能，课程设置与实训环节均侧重于实用型护理人才的培养，毕业生是当地各级医疗机构护理队伍的重要补充力量。
此外，医学检验技术专业也是学校的重点专业之一。随着医疗诊断需求的提升，检验技术人才不可或缺。该专业注重培养学生临床检验、卫生检验的基本操作能力，配备相应的实验实训设施，毕业生可在医院检验科、疾控中心等单位从事技术工作。药剂专业同样颇具实力，主要培养药品调剂、制剂、营销及管理的中初级人才，课程涵盖药学基础、药物制剂、药事管理等，就业面向医疗机构药房、社会药房及医药企业，契合基层药品服务需求。这些专业共同构成了学校的骨干专业群，在区域内享有一定声誉。
