徐州生物工程职业技术学院中专部的专业设置紧密对接区域产业发展需求，其王牌专业主要集中在生物技术、现代农业、医药健康等领域。其中，生物制药技术专业是该校的传统优势专业，该专业培养学生掌握药物制剂、药物分析等核心技能，实训条件完善，与多家制药企业建立了合作关系。
现代农业技术专业也是其特色专业之一，依托学院的农业背景，注重现代种植、养殖技术的教学与实践，为学生进入现代农业企业或自主创业打下坚实基础。此外，宠物养护与经营专业近年来发展迅速，随着宠物经济的兴起，该专业培养学生宠物疾病防治、美容护理等实用技能，就业市场广阔。
康复技术专业则面向快速发展的健康服务业，培养学生掌握物理治疗、作业治疗等康复技能，社会需求量大。这些专业均体现了学院“生物工程”的特色，课程设置理论与实践并重，配备了相应的实验实训基地，旨在培养高素质技术技能人才。
