上海市医药学校作为国家级重点中等职业学校，其专业设置紧密对接医药健康产业发展需求，拥有多个实力雄厚、声誉卓著的王牌专业。这些专业在课程建设、实训条件、校企合作等方面均处于领先水平。
药剂专业是学校历史最悠久、最具代表性的王牌专业之一。该专业培养掌握药品调剂、制剂、营销及仓储管理等核心技能的实用型人才。课程涵盖药理学、药剂学、药物分析等，拥有模拟药房等先进实训设施，与众多知名医药企业深度合作，毕业生备受市场青睐。
制药技术专业同样是学校的传统优势专业，专注于化学制药、生物制药等领域的生产、质量控制与技术管理人才培养。学生通过系统的理论学习和在符合GMP标准的实训基地进行操作训练，能够熟练掌握药物生产的工艺流程和质量控制要点。
中药专业是学校的特色王牌专业，传承与发展并重。该专业教授中药鉴定、炮制、调剂及用药指导等知识与技能，建有中药标本馆、中药调剂实训室等特色实践场所，致力于培养弘扬中医药文化、服务大健康产业的技术技能人才。
生物技术制药专业是面向现代生物医药产业发展的新兴王牌专业。该专业聚焦基因工程、细胞工程等现代生物技术在制药领域的应用，培养学生掌握生物药物制备、检验的基本技能，为上海打造生物医药产业高地输送后备力量。
药品食品检验专业是保障公众健康的重要专业，也是学校的强势专业。该专业培养学生运用现代分析仪器对药品、食品、化妆品等进行质量检测与监控的能力，实训条件优越，对标行业标准，毕业生在质量控制岗位具有很强竞争力。
