吉安应用工程学校结合区域经济发展需求和职业教育特点，重点打造了一批具有竞争力的王牌专业。这些专业通常具备教学资源丰富、就业前景广阔、与产业对接紧密等特点。学校的特色王牌专业主要集中在工程技术、信息技术和现代服务等领域。
例如，数控技术应用专业是学校的传统优势专业，该专业配备有先进的实训设备和生产线，注重学生实践操作能力的培养，与多家制造企业建立了合作关系。建筑工程施工专业也是重点专业之一，培养学生掌握施工技术、工程管理和造价等方面的实用技能，适应建筑行业的发展需要。此外，计算机应用与维修、汽车运用与维修等专业也因扎实的教学和良好的就业口碑而成为学校的热门选择。这些专业课程设置紧贴市场，旨在培养学生成为高素质的技术技能人才。
