南京交通技师学院作为一所以交通运输为特色的技工院校，其王牌专业紧密围绕现代交通体系设置，具有鲜明的行业特色和较强的就业竞争力。学院的王牌专业主要集中在汽车技术、轨道交通、智能制造及现代物流等领域。
汽车运用与维修专业是学院的传统优势专业，培养具备汽车检测、故障诊断、维修保养等综合技能的高素质技术人才。该专业实训设施先进，与企业合作紧密，学生实践能力强。新能源汽车检测与维修专业是紧随行业发展趋势设立的新兴王牌专业，专注于电动汽车、混合动力汽车等新能源车的构造原理、电池管理、电控系统维护等核心技术培养，市场需求巨大。
城市轨道交通车辆运用与检修专业是另一大特色王牌专业，主要面向地铁、轻轨等城市轨道交通运营企业，培养车辆驾驶、检修维护、运营管理等方面的专业技能人才。该专业与南京及周边地铁公司有深入合作，实行订单培养。此外，无人机应用技术、机电一体化技术（智能制造方向）、现代物流等专业也实力不俗，拥有完善的实训基地和校企合作平台，毕业生深受用人单位欢迎。
