南京应用技术学校结合区域经济发展需求和学生特点，开设了一批特色鲜明、就业前景良好的专业。其中，被学校重点建设并广受认可的“王牌专业”主要集中在现代服务、信息技术和智能制造等领域。例如，城市轨道交通运营管理专业是该校的传统优势专业，该专业配备有模拟实训舱等设施，注重培养学生站务管理、客运组织、行车组织等实操技能，与相关企业有密切合作，为学生实习就业提供了有力保障。
护理专业也是学校的重点专业之一，面向蓬勃发展的健康产业，培养学生掌握临床护理、社区护理等专业知识与技能。该专业通常拥有基础医学实验室、模拟病房等实训条件，并与多家医疗机构建立合作关系。此外，计算机网络应用、软件与信息服务等信息技术类专业，顺应数字化浪潮，课程设置紧跟技术发展，培养学生成为网络管理、软件开发、数据处理的实用型人才。这些专业因其教学资源投入大、校企合作深入、毕业生社会认可度较高，成为学生报考的热门选择。
