南京城市交通运输学校作为公办中等职业学校，其学费标准严格按照国家和江苏省的相关规定执行，相对于普通高中和民办院校，学费并不昂贵，属于大多数家庭可以承受的范围。具体的学费金额会根据专业不同略有差异，一般每学年在两千至四千元人民币左右。
学校严格执行国家的中等职业教育免学费政策。对全日制正式学籍一、二、三年级所有在校生免除学费（具体免学费范围以当年最新政策为准，通常对部分专业或符合条件的学生全覆盖）。这极大地减轻了学生家庭的经济负担。除了免学费政策，学校还设有完善的资助体系。
国家助学金用于资助全日制正式学籍一、二年级在校涉农专业学生和非涉农专业家庭经济困难学生，资助标准每生每年平均在两千元左右。学校还会设立校内奖学金、助学金，对品学兼优或家庭困难的学生进行奖励和资助。此外，学校会为家庭特别困难的学生提供勤工俭学岗位，帮助学生通过劳动获得一定报酬。对于来自经济困难家庭的学生，应详细了解并积极申请相关的减免和资助，确保顺利完成学业。
