就读江苏启东中等专业学校的学费标准严格遵循国家和江苏省的相关规定，相对于普通高中和民办学校，公办中职学校的学费并不昂贵，属于普惠性教育。具体的收费标准按不同专业类别由物价部门核定，一般每学年在两千至四千元人民币左右。学校会严格按照公示的收费标准收费，不存在乱收费现象。
更重要的是，国家及地方政府为中等职业学校学生提供了力度大、覆盖广的减免和资助政策，极大地减轻了学生家庭的经济负担。所有全日制正式学籍一、二、三年级在校生均享受免学费政策（艺术类相关表演专业除外）。这意味着绝大部分学生三年中职学习期间无需缴纳学费。
在助学金方面，全日制正式学籍一、二年级家庭经济困难学生（约占在校生的一定比例）可以申请国家助学金，资助标准每生每年平均为2000元。此外，对于建档立卡贫困户家庭学生、低保家庭学生、特困救助供养学生、残疾学生等特殊困难群体，除享受国家助学金外，还可享受更多的资助和关爱。学校自身也设有校内奖学金、困难补助、勤工助学岗位等，用于奖励优秀学生和帮助家庭经济困难学生顺利完成学业。这些完善的资助体系确保了“不让一个学生因家庭经济困难而失学”。
