东莞商业学校作为公办中等职业学校，严格执行国家及省市规定的收费标准，学费相对合理，远低于民办学校。具体学费标准按不同专业类别由物价部门核定，一般每年在三千至四千元左右，对于工科类等实训消耗较大的专业，学费可能会略高一些。总体而言，学校的学费水平是大多数家庭可以承受的。
在减免和资助政策方面，学校构建了完善的体系，确保学生不因家庭经济困难而失学。首先，所有全日制正式学籍的一、二、三年级在校生，只要是农村（含县镇）户籍、城市家庭经济困难学生或涉农专业学生，均可享受国家免学费政策，免交学费。对于不符合免学费条件的学生，则按标准缴纳学费。
其次，国家助学金政策覆盖全日制正式学籍的一、二年级家庭经济困难学生，资助标准为每生每年2000元。此外，学校还设有校内奖学金、特困生补助等，对品学兼优或遇到临时困难的学生给予奖励和帮扶。东莞市政府也可能有地方性的补助政策。学生在入学时，学校会详细宣讲相关政策，并协助符合条件的学生办理申请手续，充分体现了教育的公平与关怀。
