上海市医药学校严格执行上海市教育委员会和物价部门规定的收费标准，学费标准公开透明。同时，学校建立了完善的资助体系，确保家庭经济困难学生能够顺利完成学业，绝不让一个学生因贫失学。
学校属于中等职业学校，根据国家政策，对就读学生实行免学费政策。目前，对符合国家免学费政策条件的学生，在校期间免除学费。具体的政策覆盖范围和条件以上海市当年公布的教育资助政策为准。对于不符合免学费政策条件的学生，学校按照核定的收费标准收取学费，收费标准在上海市中职学校中属于合理范围。
除了免学费政策，国家和学校还设立了多项资助政策。对家庭经济困难的学生，经认定后可享受国家助学金，用于补助生活费。资助标准根据困难等级有所不同。此外，上海市户籍的低保家庭学生、特困供养人员、烈士子女、孤儿、残疾学生等特定群体，还可享受相应的帮困助学补助。
学校自身也设有各类帮困基金，对遇到突发性、临时性经济困难的学生提供临时困难补助。学校积极联系社会企业和爱心人士，设立社会奖学金或助学金，为品学兼优或家庭困难的学生提供额外奖励和资助。学校的学生资助工作坚持以学生为中心，通过规范申请、严格评审、精准发放，切实将资助政策落到实处，为学生安心求学提供经济保障。
