南京卫生学校作为公办中等职业学校，严格执行国家及省市规定的收费标准，学费并不昂贵。通常，中职阶段学费每学年在两千至四千元人民币左右，具体标准按不同专业类别由物价部门核定。相比于许多民办院校和普通高中，其学费处于较低水平，性价比较高，能够减轻学生家庭的经济负担。
学校建立了完善的学生资助体系，确保学生不因家庭经济困难而失学。所有全日制在校学生均可享受免学费政策（具体免学费标准和范围以当年国家政策为准）。对于家庭经济困难的学生，经认定后可申请国家助学金，资助标准每生每年平均在两千元左右，用于补助生活费。
此外，学校还设有校内奖学金、特困生补助、勤工助学岗位等多种形式的资助。对于来自低保家庭、特困供养家庭、残疾学生等特殊困难群体，还有相应的学费减免和生活费补贴政策。学校承诺不会让任何一位被录取的学生因经济原因放弃学业，入学时还会开通“绿色通道”，帮助家庭经济困难新生顺利办理入学手续。
