文山州卫生学校作为公办中等职业学校，其学费标准严格按照国家和云南省的相关规定执行，相较于许多民办院校和普通高中，学费并不昂贵，处于大多数家庭可承受的范围之内。
更重要的是，国家为中等职业学校学生提供了完善的资助体系。所有全日制正式学籍一、二、三年级在校生中，所有农村（含县镇）学生、城市涉农专业学生和家庭经济困难学生，在享受国家免学费政策后，只需缴纳部分学杂费。此外，全日制正式学籍一、二年级在校涉农专业学生和非涉农专业家庭经济困难学生，还可申请国家助学金，平均资助标准为每生每年一定金额。品学兼优的学生还可以申请国家奖学金或地方政府、学校设立的奖学金。对于家庭特别困难的学生，学校还提供勤工助学岗位等帮扶措施，确保学生不因经济原因辍学。
