就读新疆巴音郭楞蒙古自治州卫生学校，学生的经济负担相对较轻。按照国家关于中等职业教育免学费的政策，对全日制正式学籍一、二、三年级在校生中所有农村（含县镇）学生、城市涉农专业学生和家庭经济困难学生（艺术类相关表演专业除外）免除学费。这意味着绝大部分学生都能享受免学费就读。
除了免学费政策，学校还贯彻执行国家及自治区多项资助政策，帮助家庭经济困难学生顺利完成学业。国家助学金是主要资助项目之一，资助对象为全日制正式学籍一、二年级在校涉农专业学生和非涉农专业家庭经济困难学生，资助标准根据当年政策确定，用于补助生活费。
此外，对于南疆四地州（喀什地区、和田地区、克孜勒苏柯尔克孜自治州、阿克苏地区）及其他边境县、贫困县的学生，可能有更具体的地区性补助政策。学校自身也可能设立校内奖学金、助学金或提供勤工助学岗位。学生在入学时和入学后，可以详细咨询学校学生资助管理部门，了解并申请符合自身条件的资助项目，确保不会因经济原因而辍学。
