就读南京莫愁中等专业学校的学费标准严格遵循国家和江苏省的相关规定，相较于普通高中和民办学校，公办中职学校的学费并不昂贵，且享有多种减免和资助政策，能极大减轻学生家庭的经济负担。
在学费方面，学校按不同专业类别收取学费，公办中职阶段学费普遍在每生每年2000至4000元人民币左右，具体标准由物价部门核定。部分合作培养项目或特殊专业可能略有不同，但总体处于较低水平。
在减免和资助政策上，体系较为完善。首先，对所有全日制正式学籍一、二、三年级在校生免除学费。其次，国家助学金政策覆盖家庭经济困难的学生，资助标准每生每年平均2000元，具体分档实施。此外，学习成绩优异、技能表现突出的学生可以申请国家奖学金，标准为每生每年6000元。
学校自身也设有校级奖学金、助学金，并可能提供勤工助学岗位。对于来自低保家庭、特困供养家庭、残疾等特殊困难学生，还有更具体的费用减免和资助措施。学生在入学时，学校会进行详细政策宣讲，确保符合条件的学生都能知晓并申请相应的资助，基本实现了“不让一个学生因家庭经济困难而失学”的承诺。
