就读南宁九三中等职业学校的学费标准相较于普通高中和大学，总体处于较低水平。具体的学费金额因专业不同而有所差异，通常文科类、服务类专业学费稍低，工科类、需要大量实训耗材的专业学费可能稍高。但国家为了鼓励和支持职业教育发展，出台了有力的资助政策，极大地减轻了学生家庭的经济负担。
目前实施的主要减免和资助政策包括：第一，国家免学费政策。对全日制正式学籍的一、二、三年级在校生中所有农村（含县镇）学生、城市涉农专业学生和家庭经济困难学生免除学费（艺术类相关表演专业除外）。城市非涉农专业且非家庭困难学生的比例由地方确定。第二，国家助学金。资助全日制正式学籍的一、二年级在校涉农专业学生和非涉农专业家庭经济困难学生，资助标准每生每年平均2000元。第三，自治区人民政府中等职业教育奖学金。用于奖励中职学校全日制正式学籍品学兼优的在校学生，每年奖励名额约10000名，奖励标准为每生每年2000元。第四，此外，还有建档立卡贫困户学生特别资助、学校自身的奖学金和勤工助学岗位等。学生在入学前和入学后都可以向学校详细咨询并按规定申请。
