南京商业技工学校作为公办技工院校，学费标准严格执行国家及省市相关规定，相较于许多民办院校和普通高中，学费处于合理甚至较低的水平，性价比较高。对于家庭经济困难的学生，国家及学校层面设有完善的资助体系，确保学生不因经济原因辍学。
主要的减免和资助政策包括：所有全日制在校学生享受免学费政策。对家庭经济困难的学生，经申请和认定后，可享受国家助学金，资助标准根据困难等级而定。品学兼优的学生可以申请国家奖学金和学校设立的各类奖学金。此外，学校还可能提供勤工助学岗位，让学生通过课余劳动获得一定报酬。对于符合特定条件的学生，如低保家庭、特困供养、残疾学生等，还有相应的学费减免和生活费补贴政策。学生在入学时，学校会详细宣讲相关资助政策，并协助符合条件的学生办理申请手续。
