南京医药中等专业学校毕业生就业情况总体良好，就业率保持在较高水平。这主要得益于医药健康行业属于民生刚需领域，社会对药学服务、护理、康复保健等技术技能型人才的需求长期稳定且不断增长。学校与众多本地及周边的医院、连锁药店、医药生产企业、医药流通企业、康复机构等建立了稳定的合作关系，定期举办校园招聘会，为毕业生提供丰富的实习和就业岗位。
毕业生主要就业方向包括在医院药房从事药品调剂与管理，在连锁药店担任药师或健康顾问，在制药企业从事生产、质检工作，以及在社区卫生服务中心、养老机构从事护理与康复技术服务等。学校注重职业技能和职业资格考证辅导，很多学生在毕业时已持有相关职业资格证书，进一步增强了就业竞争力。
