南京医药中等专业学校为学生提供了多样化的升学路径，助力学生实现学历提升。最主要的途径是参加江苏省职教高考，即对口单招考试，学生可通过考试升入省内相关专业的本科或高职院校继续学习，这是中职生升入高等教育的主渠道。
其次，学生可以通过“3+3”中高职分段培养项目，前三年在学校完成中职学习，经考核合格后直接升入对接的高职院校完成后三年学习，获得大专文凭。此外，学生还可通过自学考试、成人高考等途径在就读期间或毕业后继续进修。学校通常会组织专门的复习班，为学生升学提供文化课和专业技能课的辅导，系统性地帮助学生备战升学考试。
