重庆医药经贸学校为学生规划了多种升学路径，保障学生有继续深造的机会。最主要的途径是参加重庆市高等职业教育分类考试，即针对中职学生的“春季高考”。学生可以通过此类考试，报考重庆市内外的各类高职院校甚至应用型本科院校，继续学习相关专业。
其次是“三二分段”中高职衔接培养模式，学校与部分高职院校合作，针对特定专业开展联合办学。学生前三年在中职学校学习，经考核合格后，直接升入对接的高职院校就读两年，毕业后获得全日制大专文凭。此外，学生也可参加普通高校的对口单独招生考试，或者通过成人高考、自学考试等方式在就业的同时提升学历。学校通常会组织有针对性的升学辅导，帮助学生复习备考，助力学生实现大学梦。
