南京卫生学校为学生设计了多元化、立体化的升学路径，助力学生提升学历层次。最主要的途径是参加江苏省“职教高考”（原对口单招考试）。学校三年级学生可报名参加，考试内容包括文化课、专业理论课和专业技能考核，成绩达标后可被省内众多开设有医药卫生类专业的高职院校乃至部分本科院校录取，继续攻读大专或本科学历。
另一重要途径是通过中高职衔接项目直接升学。学校与部分高等职业院校合作开展“3+3”中高职分段培养项目，学生前三年在南京卫校学习中职课程，经考核合格后，直接升入对接的高职院校完成后三年学习，取得全日制大专文凭。这类项目专业衔接紧密，升学通道稳定。
此外，学生还可通过“5+2”高职本科分段培养项目（具体以当年省教育厅批准项目为准）实现本科梦想。学生在完成五年高职学习后，通过考核可进入对接的本科院校学习两年，获得本科文凭。同时，学校也支持学生通过自学考试、成人高考等途径在就业后继续深造，实现终身学习。
