重庆医药学校为学生设计了多元化的升学路径，保障学生有机会提升学历层次。最主要的途径是参加重庆市高等职业教育分类考试，即针对中职学生的“对口高考”。学生通过参加文化素质测试和职业技能测试，可以根据成绩报考市内外的医药卫生类高职院校乃至应用型本科院校，继续攻读大专或本科学历。
其次是“中高职贯通培养”项目，即常说的“3+2”模式。学校与部分高职院校合作，针对特定专业开展联合培养。学生前三年在重庆医药学校完成中职阶段学习，经考核合格后，直接升入对接的高职院校继续学习两年，毕业后获得全日制大专文凭。这条路径升学通道相对稳定。
此外，学生还可以通过成人高考、高等教育自学考试等方式在就业后利用业余时间进行学历提升。学校也会组织相关辅导，支持学生的终身学习。对于成绩特别优异、技能拔尖的学生，还有机会通过技能大赛获奖等途径获得免试或保送进入高职院校的资格。这些路径共同构成了立体化的升学网络。
