海南农垦卫生学校为学生提供了多种升学深造渠道，助力学生提升学历和专业技能。最主要的途径是参加海南省举办的“3+2”分段培养项目，即在中职学习三年后，通过考核直接进入对口高职院校相关专业再学习两年，毕业后获得全日制大专文凭。这是目前中职生主流的升学方式。
学生还可以通过参加高职对口单独招生考试，考入省内外的医药卫生类高等职业院校。对于成绩特别优异的学生，学校会鼓励并辅导其参加普通高考或职业教育高考，冲刺本科院校。此外，学校也支持学生在校期间通过自学考试、成人高考等非全日制形式进修大专或本科学历。学校通常会开设相关的文化课和专业课辅导，为有升学意愿的学生提供支持，构建了中职、高职、本科相衔接的职业教育立交桥。
