新疆巴音郭楞蒙古自治州卫生学校为学生提供了多种升学深造渠道，构建了人才培养的立交桥。最主要的途径是参加自治区组织的“三校生”高职高考。学生通过对口升学考试，可以报考自治区内乃至全国的高等职业院校或应用型本科院校的医药卫生类专业，继续攻读大专或本科学历。
其次，学生可以通过“中高职贯通培养”项目升学。学校可能与部分高职院校合作，开设“3+2”或“3+3”分段制培养专业，学生完成中职阶段学习并通过考核后，可直接升入合作高职院校对应专业学习，无需再参加统一高考，升学路径更为顺畅。
此外，学生还可以通过成人高考、自学考试等非全日制教育形式，在就业的同时提升学历。学校通常会为学生提供相关的升学指导与考前辅导服务，鼓励和支持学有余力的学生向更高层次学历迈进，实现技能与学历的双重提升。
