舟山航海学校为学生提供了多样化的升学路径，助力学生提升学历和专业技能。最主要的途径是通过浙江省的“中高职一体化”五年制职业教育合作，学生在中职阶段学习后，经考核合格可直接升入对接的高等职业院校相关专业继续深造，获得大专文凭。部分优秀学生还可通过“中本一体化”试点项目，实现中职与本科院校的贯通培养。
另一条重要路径是参加浙江省的单考单招，即高等职业教育单独招生考试。学生可以报考省内的本科或高职院校，继续学习航海技术、轮机工程、海事管理等相关专业。此外，学校也支持学生通过成人高考、自学考试等方式在业余时间进修，获取更高层次的学历。学校通常会开设升学辅导班，为学生备考提供有针对性的文化课和专业技能培训，提高升学成功率。
