南京应用技术学校为学生提供了多种继续深造的升学路径，确保学生有机会提升学历层次和专业技能。最主要的路径是参加江苏省的职教高考，这是中等职业学校学生升入高等院校的主要渠道。学生通过对口专业类别的文化素质考试和专业技能考核，可以报考省内众多本科或专科院校，继续学习本专业或相关专业。
其次是“五年一贯制”高职教育，部分专业可能与高等职业院校合作，实行中高职衔接培养，学生完成中职阶段学习后，通过考核可直接进入合作高职院校学习，毕业后获得大专文凭。此外，还有面向高职院校的对口单独招生，部分高校会面向中职毕业生进行自主招生。对于有出国深造意愿的学生，学校可能提供国际合作项目，为学生搭建海外留学的桥梁。学校通常会为有升学意愿的学生组织专门的复习辅导，帮助学生系统备考，提高升学成功率。
