福建商贸学校开设了多个省级重点或特色专业，这些专业通常被认为是学校的王牌专业。其中，计算机应用专业是学校的传统优势专业，该专业紧密对接信息技术产业需求，培养学生掌握扎实的计算机软硬件知识和网络技术应用能力，实训设施较为完善。
电子商务专业也是学校的重点建设专业之一，结合商贸学校特色，该专业注重学生网络营销、网店运营、客户服务等实战技能的培养，与部分企业有合作关系，为学生提供实践机会。会计事务专业作为经典商科专业，在学校拥有良好的教学基础，侧重于培养学生的账务处理、税务核算等财务技能，毕业生在相关领域有一定认可度。
此外，工艺美术专业（如广告设计与制作方向）、旅游服务与管理专业等，也因鲜明的特色和较好的就业前景，成为学校备受关注的专业。这些专业普遍注重实践教学，配备了相应的实训场地，旨在培养符合市场需要的技能型人才。
