甘肃医药学校作为一所专注于医药卫生类人才培养的中等职业学校，其王牌专业紧密围绕医药行业的核心需求设置。药剂专业是该校的传统优势与重点专业，主要培养能够熟练进行药品调剂、制剂生产、药品仓储管理与零售服务的技术技能人才。该专业课程涵盖药理学、药剂学、药物分析等核心内容，配备有模拟药房等实训设施，注重学生实践操作能力的培养。
中药专业同样是学校的特色王牌专业，依托甘肃丰富的中药材资源，培养学生掌握中药鉴定、炮制、调剂及购销等专业技能。该专业注重传统技艺与现代技术的结合，为学生未来在中药生产、经营、服务等领域发展奠定坚实基础。此外，护理专业也是学校重点建设的专业之一，主要培养临床护理和社区护理的实用型人才，拥有基础护理、内科护理、外科护理等完备的实训室，强调护理实践技能和职业素养的培育。
医学检验技术专业则侧重于培养能够从事临床检验、卫生检验等技术工作的专业人才。学校通过开设寄生虫检验、免疫学检验、微生物学检验等核心课程，并结合现代检验仪器操作实训，使学生掌握扎实的检验技能。这些专业均与行业需求高度对接，拥有较为完善的校内外实训基地，构成了学校专业建设的核心力量，在区域内享有良好声誉。
