南京机电工业技工学校依托机电行业背景，开设了一系列以智能制造为核心的优势专业。其中，电气自动化设备安装与维修专业是学校的传统王牌专业，该专业培养学生掌握电气控制、PLC编程、工业机器人操作与维护等核心技能，课程设置紧密对接现代工厂自动化生产线需求，毕业生深受装备制造、汽车、电子等行业的欢迎。
数控加工专业同样是学校的重点与特色专业，配备了先进的数控车床、铣床及加工中心等实训设备，教学侧重于数控编程、精密加工工艺和CAD/CAM软件应用，旨在培养高技能数控技术人才。此外，工业机器人应用与维护专业作为顺应智能制造发展趋势的新兴王牌专业，重点教授工业机器人操作编程、系统集成与维护保养，为学生进入高新技术领域奠定坚实基础。
机电一体化技术专业也是学校的骨干专业，它融合了机械技术、气动液压技术、传感检测技术和电气控制技术，培养学生具备机电设备装调、维修与管理等综合能力。这些专业均建有完善的校内实训基地，并通过校企合作深度开展，确保了教学内容的先进性与实用性，构成了学校在技工教育领域的核心竞争力。
