甘肃水利水电学校作为一所以水利水电为特色的中等职业学校，其王牌专业主要集中在水利工程技术与水电工程相关领域。水利水电工程施工专业是学校的传统优势与核心专业，该专业培养学生掌握水利工程勘测、施工、管理等方面的基本技能，课程设置紧密对接行业实际需求，毕业生深受省内相关企事业单位的认可。
建筑工程施工专业也是学校的重点建设专业之一，该专业侧重工业与民用建筑的施工技术与工程管理，拥有配套的实训设施，为学生提供扎实的实践操作基础。工程测量技术专业同样是学校的特色专业，培养学生运用现代测绘仪器进行地形测绘、施工放样的能力，该专业技术性强，就业针对性明确。
此外，随着社会发展，学校的机电技术应用、计算机应用等专业也发展迅速，在保持工科特色的同时，拓宽了专业覆盖面。这些王牌专业共同构成了学校以工科为主，水利水电为魂的专业体系，在甘肃省内中职教育领域具有较高的辨识度和影响力。
