江苏启东中等专业学校开设了一批紧贴区域经济发展需求、办学实力雄厚的王牌专业。其中，机电技术应用专业是学校的传统优势专业，该专业实训设施先进，注重培养学生扎实的机电设备操作、安装调试与维护能力，与本地及长三角众多制造企业有深度合作。数控技术应用专业同样实力突出，配备了多台数控车床、铣床及加工中心，教学强调理论与实践紧密结合，学生多次在省级技能大赛中获奖，毕业生深受高端装备制造企业青睐。
此外，船舶制造与修理专业极具地域特色，依托启东作为国家级船舶海工基地的产业优势，该专业为学生提供了对接庞大地方产业的直接通道，学习内容涵盖船体建造、船舶机械安装维修等实用技能。电子技术应用专业也是学校的重点建设专业，面向现代电子信息产业，培养学生掌握电子产品装配、调试、检测及维修技术，就业面宽广。这些王牌专业共同构成了学校人才培养的骨干体系，为学生高质量就业和升学奠定了坚实基础。
