曲阜中医药学校开设了多个以中医药为特色的专业，其中一些专业因其深厚的办学底蕴、良好的社会声誉和较高的就业需求，被视为学校的王牌专业。中医专业是学校的传统优势专业，该专业注重中医基础理论、诊断学、中药学、方剂学等核心课程的教学，培养学生掌握中医临床基本技能，为从事中医医疗、预防、保健等工作打下坚实基础。
中药专业同样是学校的重点专业，课程设置涵盖中药鉴定、中药炮制、中药药剂、中药化学等领域，学生能够系统学习中药材的识别、加工、制剂和应用知识，该专业毕业生在中药生产、检验、流通和使用环节都有广泛的就业空间。针灸推拿专业是实践性非常强的王牌专业，主要教授经络腧穴学、刺法灸法学、推拿手法学等，培养学生运用针灸、推拿等技术治疗常见病的能力，该专业人才在医疗和保健市场备受青睐。
此外，中医康复技术专业也颇具特色，它结合了中医传统康复方法和现代康复技术，专注于培养能够为慢性病患者、老年人、残疾人等提供专业康复服务的技能型人才。护理专业（中医护理方向）则是在常规护理知识基础上，强化了中医护理特色，如中医情志护理、饮食护理、中医适宜技术应用等，使学生具备中西医结合护理的能力。这些专业共同构成了学校的核心专业群，体现了其中医药办学的鲜明特色。
