北京自动化工程学校的王牌专业主要集中在自动化、机电、信息技术等与现代制造业和高端服务业紧密对接的领域。这些专业通常具有雄厚的师资力量、先进的实训设备以及稳定的校企合作资源，旨在培养市场急需的高素质技术技能人才。
学校的电气运行与控制专业是传统优势专业，主要培养从事电气设备安装、调试、运行、维护以及供用电系统运行维护的技术人才，课程内容涵盖电工电子技术、电机与变压器、PLC编程、工厂供电等，实训条件完善，对接现代工业控制需求。
机电技术应用专业也是其重点专业，该专业融合了机械技术、电子技术、自动控制技术和计算机技术，培养学生掌握机电设备操作、安装、调试、维护及管理的综合能力，就业面宽广，适应智能制造发展趋势。
工业机器人技术应用专业是顺应产业升级而设立的热门王牌专业，主要学习工业机器人操作、编程、调试、维护及集成应用等知识，学校通常配备有工业机器人实训工作站，与相关企业合作紧密，为学生提供前沿的技术学习平台。
此外，计算机网络技术、计算机应用等信息技术类专业也是学校的强项，着重培养网络组建、管理维护、网站开发、数字媒体应用等方面的技能，契合数字经济时代对IT技能人才的巨大需求。
