南京卫生学校拥有一批历史悠久、实力雄厚、就业前景广阔的省级品牌与特色专业。其中，护理专业是学校的传统王牌专业，该专业办学经验丰富，实训条件先进，与多家三甲医院深度合作，培养的学生技能扎实，在各级技能竞赛中屡获佳绩，毕业生护士执业资格考试通过率常年保持在很高水平，是全省护理教育的排头兵。
医学影像技术专业同样是学校的王牌专业之一。该专业教学设施现代化，拥有模拟CT、DR、超声等实训设备，注重理论与实践相结合，培养学生掌握医学影像检查、设备操作与维护等核心技能，毕业生深受各级医院影像科、医疗器械公司等单位欢迎，专业对口率高，发展前景好。
康复治疗技术专业是顺应大健康产业蓬勃发展而重点建设的专业。学校该专业注重中西医康复技能培养，实训基地完备，与康复医疗机构合作紧密，培养学生成为能够从事物理治疗、作业治疗等工作的专业人才，市场需求量大，毕业生供不应求。此外，医学检验技术、助产等专业也各具特色，教学质量和就业质量均得到社会广泛认可，共同构成了学校高质量的专业集群。
