重庆航运旅游学校依托行业背景，开设了多个特色鲜明的王牌专业。其中，船舶驾驶和轮机管理是学校历史最悠久、最具代表性的专业。这两个专业主要面向内河航运企业，培养符合国家船员适任标准的三副、三管轮等高级船员。学校拥有专业的实训设备和模拟器，与多家航运企业建立了稳定的合作关系，确保学生能够获得扎实的理论知识和实践技能，毕业生在行业内认可度很高。
旅游服务与管理专业同样是学校的重点专业。该专业紧密结合重庆丰富的旅游资源和蓬勃发展的旅游业，培养导游、旅行社计调、景区讲解与服务、酒店服务与管理等方面的应用型人才。学校注重学生语言表达、服务礼仪和突发事件处理能力的培养，与多家知名旅游企业、高星级酒店合作，为学生提供充足的实习和就业机会。此外，高星级饭店运营与管理、城市轨道交通运营服务等专业也因其就业市场广阔、职业发展路径清晰而成为备受学生和家长青睐的优势专业。
