三都水族自治县民族中等职业学校结合当地经济社会发展需求和水族文化特色，重点打造了一批具有竞争力的专业。其中，民族服装与服饰专业是学校的特色王牌专业之一，该专业深度融合水族马尾绣等国家级非物质文化遗产技艺，培养学生从事民族服饰设计、制作、营销的能力，具有鲜明的民族性和地域性。
幼儿保育专业也是学校的重点建设专业，随着国家对学前教育投入的加大和三都本地对幼教人才需求的增长，该专业配备了完善的实训设施，注重学生保教技能的培养，毕业生认可度较高。此外，中餐烹饪专业依托本地饮食文化，培养学生掌握现代烹饪技术和地方特色菜肴制作，就业面广。汽车运用与维修专业则对接市场需求，配备有实训车间，注重学生实际操作能力的培养，是学校工科类优势专业。这些专业共同构成了学校的骨干专业群，体现了服务地方、突出特色的办学方向。
